宝莲禅寺在2000年筹建万佛宝殿，将古代佛教艺术与现代建筑风格相结合。万佛宝殿建在大雄寳殿背後，楼高五层，占地6000多平方米，内设万佛殿丶藏经阁丶方丈室丶法堂丶永久戒坛丶佛教文物展览馆以及多功能厅，是一座集弘法丶宗教修持丶历史文化和旅游於一体的重要传统文化教育基地。万佛宝殿地下层为多功能厅，为举办日常活动及法会的场所。

依据《大方广佛华严经》，佛陀在菩提树下成正等正觉时说：「善哉！善哉！大地众生，皆具有如来智慧德相，皆因妄想执着，而不能证得。」换而言之，众生皆有佛性，人人皆可成佛。无始劫以来，无数众生，依佛之教诲修行，而成佛者不计其数，何止万佛！故有「万佛宝殿」之说。